Instytucja prawna nadpłaty oraz zwroty podatku reguluje w różnych aktach prawnych. Zwrot podatku następuję jeżeli podatek był należny a prawo przewiduje ( po spełnieniu warunków) prawo do zwrotu. Nadpłata podatku następuje na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej i powstaje wtedy, gdy podatek został zapłacony a taki obowiązek nie powstał. NSA w swoim wyroku z dnia 19.01.2012 r. stwierdził, że organ ani sąd z urzędu nie jest uprawniony do określania czy też modyfikowania uprawnień czy następuje nadpłata czy zwrot podatku.
Wniosek podatnika jest rozpatrywany w takim zakresie w jakim podatnik wnosił.
Organy Skarbowe będą dokonywały kontroli firm które dokonują sprzedaży przez internet tzw. e- sprzedawców. Kontroli będą poddawane m.innymi e-sprzedawcy których obrót w ostatnich 7 miesiącach lub 3 kwartałach znacznie wzrosły do dochodów wykazywanych wcześniej.
Kontrolowane będą nie tylko firmy ale także osoby fizyczne. Kontrole będą wykonywane przez wyspecjalizowanych pracowników organów skarbowych. Kontrolerzy będą sprawdzali podatników działających za pośrednictwem portali aukcyjnych, stronach www, adresy e-mail oraz r-ki bankowe w komunikatorach internetowych.